La Federlus opera come organismo associativo di secondo grado delle Banche di Credito Cooperativo delle Regioni Lazio, Umbria, Sardegna; in base a criteri di sussidiarietà sia delle Banche stesse, sia nei confronti della Federazione Nazionale di Categoria alla quale essa aderisce. Svolge innanzitutto attività di rappresentanza, tutelando le Banche aderenti nelle sedi Istituzionali, nella stipula dei contratti integrativi di lavoro, nonché nelle vertenze individuali e collettive. Promuove l'immagine delle Banche di Credito Cooperativo attraverso l'organizzazione di eventi e manifestazioni, nonché attraverso la divulgazione di dati e analisi. Sostiene inoltre le Banche aderenti nei campi dell'organizzazione aziendale, della consulenza legale, negli adempimenti fiscali, di bilancio, di Vigilanza, nella crescita e nella formazione delle risorse umane. Svolge attività di verifica e revisione, sia a seguito dell'esternalizzazione - da parte delle Associate - dei relativi processi, che per conto di Enti Istituzionali terzi quali i Fondi di Garanzia di Categoria.